WIKI Guida al Folding@home - Come aiutare la ricerca con il proprio PC (CoViD-19, Alzheimer, Parkinson...) - HWReload Italian Team

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Progetto: Folding@Home


La guida è per coloro i quali vogliono aiutare la ricerca con la propria potenza di calcolo, sostenendo il progetto di Folding@Home. Il progetto Folding@Home (o abbrevviato FAH o F@H) utilizza il calcolo distribuito, ovvero l'utilizzo di più unità di calcolo, per studiare una malattia o una cura alla malattia. I PC dei volontari vengono quindi utilizzati per creare una potenza di calcolo su larga scala decisamente superiore a qualsiasi super computer.
Ad oggi 01/04/20 durante l'emergenza del Virus SARS-CoV-2, la piattaforma ha raggiunto un exaFLOP equivale a 1.000.000.000.000.000.000 operazioni al secondo, un record senza pari. Si tratta di 10 volte circa la potenza di calcolo del miglior supercomputer al mondo, Summit (200 petaflops teorici ma 148 raggiunti), o se preferite è la potenza a disposizione dei primi 103 supercomputer al mondo messi insieme.

Nello specifico consiste nel simulare e studiare i meccanismi di ripiegamento delle proteine che è il processo mediante il quale le proteine raggiungono la loro struttura tridimensionale finale (la disposizione della proteina nelle 3 dimensioni), e di esaminare le cause che portano ad errati ripiegamenti delle stesse, ma anche per valutare eventuali punti deboli della malattia/virus o mezzi per il quale è possibile il contagio. Inoltre viene utilizzato per la progettazione di farmaci, e per valutare quali possibili farmaci possano in qualche modo avere un effetto su tale malattia.
Viene utilizzato quindi per dinamiche molecolari ovvero quell'insieme di tecniche computazionali di simulazione che, mediante l'integrazione delle equazioni del moto, permette di studiare la dinamica di evoluzione di un sistema fisico e chimico a livello atomico e molecolare.

Un video pubblico su Youtube (qui sopra) mostra una prima simulazione della proteina "spike" di SARS-CoV-2 ottenuta tramite Folding@home. I tre colori indicano proteine diverse che si assemblano tra loro. Si può vedere che l'estremità verso l'alto si apre per rivelare il punto in cui tale proteina si lega con le cellule ospiti (quelle umane), dando inizio alla malattia.



Attualmente il Folding@Home è attivo per:

Any Disease - Altre malattie e virus, tra cui attualmente lo studio della malattia CoViD-19 causata dal virus SARS-CoV-2.
Cancro / Tumore / Neoplasia
Una massa di tessuto che cresce in eccesso ed in modo scoordinato rispetto ai tessuti normali, e che persiste in questo stato dopo la cessazione degli stimoli che hanno indotto il processo. L'oncologia è la branca della medicina che si occupa dello studio, della diagnostica e della terapia per le neoplasie.
La ricerca comprende molti tumori, in particolar modo quelli che non hanno ancora un trattamento o una cura.

Malattia di Huntington
È una malattia genetica neurodegenerativa che nel tempo rende invalida la persona di cui n'è affetta, colpisce la coordinazione muscolare e porta a un declino cognitivo e a problemi psichiatrici. Esordisce tipicamente durante la mezza età; è la più frequente malattia a causa genetica nei quadri clinici neurologici con movimenti involontari anomali (che prendono il nome di corea). C'è il 50% di possibilità di ereditarla da un solo genitore affetto, ed è una malattia a carattere dominante quindi se presente in un solo cromosoma (il 4°), questa si manifesta. Il gene HTT crea una proteina Huntingtina, più lunga del normale, la proteina troppo lunga cambia la sua conformazione ed acquisisce funzioni non necessarie poiché stabilisce contatti tossici con altre proteine all'interno della cellula. Ciò provoca alterazione delle connessioni nervose con conseguente morte cellulare. Inizialmente si riesce a compensare il problema questa si manifesta poi verso i 40 anni (in molti casi i figli si devono occupare dei genitori già in età adolescenziale). Esiste un Test genetico che attraverso il prelievo ha valore predittivo sulla malattia, ma sebbene sia prevedibile non è prevenibile. Sintomi sono impaccio nel movimento e difficoltà nella coordinazione dei movimenti, ma anche difficoltà nel controllo delle emozioni e infine il sintomo per eccellenza ovvero la presenza di movimenti involontari (anche detti corèa, per questo chiamata corèa di Huntington e non Korea che non c'entra nulla). Nell'avanzare causa perdita dell'orientamento e della memoria, ma anche psicosi e paranoia. In stadi avanzati i muscoli si irrigidiscono, le funzioni si rallentano, contrazioni muscolare prolungati, perdita di peso con difficoltà nell'alimentarsi, e demenza.

Malattia di Parkinson
È una malattia neuro-degenerativa, i sintomi motori tipici della condizione sono il risultato della morte delle cellule che sintetizzano e rilasciano la dopamina. Tali cellule si trovano nella substantia nigra, una regione del mesencefalo. All'esordio della malattia, i sintomi più evidenti sono legati al movimento, ed includono tremori, rigidità, lentezza nei movimenti e difficoltà a camminare. In seguito, possono insorgere problemi cognitivi e comportamentali, con la demenza che si verifica a volte nelle fasi avanzate. La malattia di Parkinson è più comune negli anziani; la maggior parte dei casi si verifica dopo i 50 anni. La causa di questa malattia non è ancora nota, una piccola parte dei casi viene attribuita a fattori genetici (15%) dovuti alla mutazione di alcuni geni che codificano per alfa-sinucleina (SNCA), parkina (PRKN), dardarina (LRRK2), PTEN chinasi indotta putativo 1 (PINK1), DJ-1 e ATP13A2. Ad oggi non esiste una cura a questa malattia, ma solo terapia che alleviano i sintomi.
Gli spasmi involontari o per meglio dire le discinesie sono più spesso causate dal trattamento con il levodopa (farmaco più utilizzato per i malati di parkinson).

Malattia di Alzheimer
È una demenza degenerativa che nel tempo rende invalida la persona di cui n'è affetta, l'esordio è in genere intorno ai 65 anni (una volta raggiunta la maggiore età i vostri genitori potrebbero iniziare a soffrirne). Inizia con un semplice dimenticare eventi accaduti da poco, ma diventa un tunnel in cui l'uscita è solo la morte. Nella sua evoluzione, l'ammalato è disorientato, afasico (perde la conoscenza di comporre o comprendere il linguaggio), ha scatti di ira di difficile gestione (dovuti al disorientamento, alla confusione dei ricordi), confonde i nomi delle persone, non ricorda i nomi di persone conosciute, non ricorda i nomi delle persone care (vostro padre/madre potrebbe non ricordare il vostro nome), porta alla depressione della persona, in fasi avanzate la persona non è in grado di prendersi cura di sé. Immaginate di non ricordare come si utilizzi una forchetta o il bagno. Oltre all'ammalato, il caregiver (colui o colei che presta le cure all'ammalato) è quello sottoposto ad una pressione psicologica estenuante, dovendo ripetere in continuazione le cose, ma soprattutto lottare con gli scatti d'ira e i momenti di confusione.
La malattia è dovuta a placche amiloidi nel cervello, ma non se ne conosce la causa. Al momento non c'è una cura, le terapia può rallentare di poco il decorso.


Sistema a punti

Analogamente ad altri progetti di calcolo distribuito, Folding@home valuta quantitativamente i contributi degli utenti per il progetto attraverso un sistema di crediti. Tutte le unità di un dato progetto hanno un credito di base uniforme, che è determinato sulla base di benchmark di una o più work units di quel progetto su una macchina di riferimento ufficiale prima che il progetto venga avviato. Ogni utente riceve questi punti base per il completamento di ogni work unit, attraverso l'utilizzo di una chiave di accesso si possono ricevere punti bonus aggiuntivi per l'affidabilità e la rapidità nel completamento di unità che sono computazionalmente più esigenti o hanno una maggiore priorità scientifica. Gli utenti possono anche ricevere crediti per il loro lavoro da parte di client su più macchine. Questo sistema di punti tenta di allineare i crediti ottenuti con il valore dei risultati scientifici. Gli utenti possono registrare i loro contributi in una squadra, che combina i punti di tutti i membri. Un utente può avviare la propria squadra, oppure può far parte di un team già esistente. In alcuni casi, una squadra può avere le proprie fonti di reclutamento, come un forum su Internet, questo forum ne è l'esempio con il team HWReload - Italian Team. Qui è possibile trovare le statistiche di tutti i team:


Come aiutare il progetto Folding@Home



Installate:
  • Premete Si per acconsentire il programma
  • Premete Next
  • Premete I Agree
  • Selezionate Express Install e premete Next
  • Caricherà dei file e impiegherà qualche secondo in più nell'ultima parte
  • Premete Finish lasciando la spunta su avvia Folding@home
  • Si aprirà questa schermata sul browser, che sarà il punto per gestire il tutto:

  • Per prima cosa potrete scegliere se restare anonimi o impostare un identità

  • Nel caso scegliete Set up an identity, dovrete quindi scegliere il vostro nick e il team number.
Il forum di HWReload ha creato un team che si impegna nel progetto Folding@Home, per chi vuole unirsi al nostro team chiamato HWReload - Italian Team, il codice identificativo da inserire in Team Number è 257436.


Nella tendina I support research fighting potete scegliere Any disease (tra cui il COVID-19), Alzheimer, Cancro, Huntington e Parkinson.
Nella barra Power potete scegliere quanta potenza volete dare alla ricerca se un livello basso medio o a piena potenza.
Nella selezione When potete scegliere quando far lavorare il vostro PC per la ricerca: se mentre lavorate selezionate While I'm Working, se preferite lasciarlo soltanto quando è inattivo allora selezionate Only when idle.
Premendo Start Folding inizierete ad aiutare la ricerca!


Si hanno in genere 7 giorni per completare la Work Unit (unità di lavoro), la Work Unit (ETA) vi dirà quanto tempo impiegherà il vostro PC ad elaborare questa singola Work Unit, trascorso questo tempo riceverete un totale punti che il programma vi stima già in anticipo nell'Estimated Points ovvero il numero di punti ottenuti al completamento dell'unità. Il Work Unit (PRCG) è un'abbreviazione corrispondente a quattro numeri che identifica e distingue ciascuna unità di lavoro. Il primo numero specifica il Progetto, che è la proteina in studio. Un singolo numero di progetto è composto da migliaia di singole unità di lavoro. I tre numeri rimanenti identificano la parte specifica del progetto che è stata assegnata esclusivamente a te. Il lavoro viene raramente duplicato (tranne quando un computer non riesce a completare un compito in modo tempestivo), quindi ogni serie di numeri PRCG è unica e assegnata a una sola persona.

NOTA BENE: Chiudere la pagina del browser non chiuderà l'applicativo che continuerà ad utilizzare il vostro PC!!
Quando volete smettere dovete recarvi sul browser tramite l'icona creata da folding@home (https://client.foldingathome.org/) e cliccare su Stop Folding.


NOTA BENE 2: Se la pagina di client.foldingathome.org continua a riavviarsi senza farvi modificare i valori, è consigliata una pulizia del registro. Vi consiglio inoltre di utilizzare l'advance control che trovate nell'icona in basso a destra.


Un grazie per il vostro aiuto, dallo Staff di HWReload e dal mondo!
 
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RiSS

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#2
Top ragazzi, vedo che Nichidroid ha già fatto parecchi punti!

Non mi va la GPU a me? sapete come farla andare? mi va solo la cpu non capisco perchè rimane fissa su ready.......

 

R3d3x

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#4
Aggiunto:

NOTA BENE 2: Se la pagina di client.folginathome.org continua a riavviarsi senza farvi modificare i valori, è consigliata una pulizia del registro.

Me lo fa spesso sto ingrippo :beat


Bisogna avere un po' di pazienza, alle volte trova subito Wu altre volte fa aspettare parecchio.
Sisi ci mette tempo in alcuni casi, hanno talmente tanta potenza di calcolo che non sanno più come spartirla.
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Nichdroid

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#5
Non mi va la GPU a me? sapete come farla andare? mi va solo la cpu non capisco perchè rimane fissa su ready....
Sì, c'è così tanta richiesta che non hanno sempre work units pronte. Poi dipende anche dal sistema di assegnazione, folding@home classifica l'efficacia di ogni client nel risolvere le work unit e in base a quello assegnerà wus più o meno complesse.
 

Molys

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#6
Top ragazzi, vedo che Nichidroid ha già fatto parecchi punti!

Non mi va la GPU a me? sapete come farla andare? mi va solo la cpu non capisco perchè rimane fissa su ready.......

ma non è che non gli piacciono le amd? :D :D anche a me non parte
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ah no spe mentre muovevo il cursore della potenza è andata in waiting for idle ma mi sembra di aver impostato dappertutto di "foldare" sempre.
 

Checkmate

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#14
Mi sono unito anche io! Effettivamente posso confermare che, soprattutto per la gpu nel mio caso, possono volerci molte ore prima che recuperi delle work unit. Ieri mattina ha lavorato solo la cpu, l'ho riacceso verso le 7 di sera e la gpu si è messa a lavorare solo alle 23 :sisi
 

Checkmate

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#15
Da quando ho cominciato a fare il folding@home mi succede una cosa strana.
Quando gioco (chiudendo l'app del folding), quando entro in schermate di pausa, tipo apro il menù, l'inventario, le mappe, insomma quando la vga ha un carico di lavoro minore, ho degli artefatti e linee orizzontali sullo schermo, non continui, a distanza di qualche secondo l'uno dall'altro. Quando riprendo il gioco e quindi la scheda video torna sotto carico massimo invece non ho nessun problema, anche dopo ore di fila. Ho provato a non "foldare" per 3 giorni e non ho avuto artefatti nei menu quando giocavo, stamattina l'ho fatto andare per qualche ora e oggi pomeriggio giocando a witcher 3 mi si sono presentati. Testerò anche con qualche altro gioco.

Non è successo a nessun'altro?
 
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#16
Da quando ho cominciato a fare il folding@home mi succede una cosa strana.
Quando gioco (chiudendo l'app del folding), quando entro in schermate di pausa, tipo apro il menù, l'inventario, le mappe, insomma quando la vga ha un carico di lavoro minore, ho degli artefatti e linee orizzontali sullo schermo, non continui, a distanza di qualche secondo l'uno dall'altro. Quando riprendo il gioco e quindi la scheda video torna sotto carico massimo invece non ho nessun problema, anche dopo ore di fila. Ho provato a non "foldare" per 3 giorni e non ho avuto artefatti nei menu quando giocavo, stamattina l'ho fatto andare per qualche ora e oggi pomeriggio giocando a witcher 3 mi si sono presentati. Testerò anche con qualche altro gioco.

Non è successo a nessun'altro?
Personalmente no, però ci presterò maggior attenzione in questi giorni :think
 

Mmichex

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#17
Da quando ho cominciato a fare il folding@home mi succede una cosa strana.
Quando gioco (chiudendo l'app del folding), quando entro in schermate di pausa, tipo apro il menù, l'inventario, le mappe, insomma quando la vga ha un carico di lavoro minore, ho degli artefatti e linee orizzontali sullo schermo, non continui, a distanza di qualche secondo l'uno dall'altro. Quando riprendo il gioco e quindi la scheda video torna sotto carico massimo invece non ho nessun problema, anche dopo ore di fila. Ho provato a non "foldare" per 3 giorni e non ho avuto artefatti nei menu quando giocavo, stamattina l'ho fatto andare per qualche ora e oggi pomeriggio giocando a witcher 3 mi si sono presentati. Testerò anche con qualche altro gioco.

Non è successo a nessun'altro?
Non sembra mi si presenti questo problema, ho effettuato varie prove con Witcher 3 e non ho notato nulla di strano. Mhh :think
 

Checkmate

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#18
Confermo anche in Doom Eternal, nella schermata di caricamento. Anche in questa circostanza nessun problema con la vga in full load, solo quando il carico di lavoro è minore
 

R3d3x

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#19
Da quando ho cominciato a fare il folding@home mi succede una cosa strana.
Quando gioco (chiudendo l'app del folding), quando entro in schermate di pausa, tipo apro il menù, l'inventario, le mappe, insomma quando la vga ha un carico di lavoro minore, ho degli artefatti e linee orizzontali sullo schermo, non continui, a distanza di qualche secondo l'uno dall'altro. Quando riprendo il gioco e quindi la scheda video torna sotto carico massimo invece non ho nessun problema, anche dopo ore di fila. Ho provato a non "foldare" per 3 giorni e non ho avuto artefatti nei menu quando giocavo, stamattina l'ho fatto andare per qualche ora e oggi pomeriggio giocando a witcher 3 mi si sono presentati. Testerò anche con qualche altro gioco.

Non è successo a nessun'altro?
Sembra un usura della memoria video.
 

Checkmate

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#20
Sembra un usura della memoria video.
Bè allora sono proprio sfigato. Ce l'ho da novembre questa scheda video, è la terza, ne avevo mandate già due in rma nel giro di una settimana. Fatalità sono proprio gli stessi artefatti che avevo in gioco con le altre due schede e anche altri avevano ipotizzato un problema alla memoria come te.
Pare un problema alle memorie... :-(

Fin che rimangono nei menu mi va bene; in ogni caso stop folding@home per me :sisi
 
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